Vuosi 1996
Keväällä 1996 Geologian tutkimuskeskus (GTK) tyhjensi paikkakuntalaisten kanssa noin 64 m2:n suuruisen alueen luolasta. Tuolloin löytyivät ensimmäiset mahdolliset ihmisen työstämät kivet (artefaktit), jotka toimitettiin Museovirastoon. Susiluola rauhoitettiin muinaismuistolain perusteella jatkotutkimuksia varten.

Vuosi 1997
Museovirasto teki kesäkuussa 1997 yhteistyössä GTK:n kanssa koekaivauksen, jonka tarkoituksena oli selvittää luolan arkeologinen merkitys. Tutkimuksen tulokset olivat hyvin rohkaisevia.

Vuosi 1998
Susiluolan tutkimuksia varten perustettiin talvella 1998 monitieteinen tutkimusprojekti, jossa olivat mukana Museoviraston arkeologian osasto, GTK, Helsingin yliopiston geologian laitos ja Helsingin yliopiston ajoituslaboratorio. Kesän 1998 kenttätyöt tehtiin 31.5. - 3.7. Tutkimuksissa löydettiin runsaasti kiviesineitä ja iskoksia. Tärkeimmät löydöt olivat neljännen kerroksen tallattu lattiapinta sekä jäljet tulenpidosta. Neljännen sedimenttikerroksen alta paikallistettiin kaksi uutta kerrosta.

Vuosi 1999
Vuonna 1999 tutkimukset toteutettiin aiempaa laajempina 24.5.-8.7. Tuolloin Susivuoren pohjois- ja luoteisrinteiltä todettiin kaksi muutakin luolaa, joista ainakin yksi on suuaukon kohdalta suurempi kuin Susiluola - valitettavasti kuitenkin etuosastaan osittain sortunut jääkauden jälkeen. Luolat ovat lähes kokonaan maa-aineksen peitossa, joten niiden korkeussuhteita ei ole voitu selvittää.

Vuosi 2000
Vuonna 2000 Museovirasto pystyi osoittamaan työtä varten huomattavasti aiempaa vähemmän tutkimusvaroja, joten varsinainen kaivausaika jouduttiin rajaamaan kolmeen viikkoon. Tutkimuksia tehtiin myös luolan ulkopuolella.

Vuosi 2001
Luolan sortumisvaaran vuoksi ei kaivauksia ollut kesällä 2001. Sortumisvaara johtui luolan tyhjentämisestä aiheutuneesta lämpö- ja kosteusolojen vaihtelusta.

Vuosi 2002
Luola lujitettiin teräspultein ja juotoslaastilla niin, ettei tukirakenteita näy katon verkkoa lukuun ottamatta. Kaivauksia ei kesällä 2002 ollut, mutta luolan lujittaminen teki mahdolliseksi kaivauksien jatkumisen tulevina vuosina.

Vuosi 2003
Luolassa suoritettiin vain pieni -alainen tarkistuskaivaus.

Vuosi 2004
Etelä-Pohjanmaan TE-keskus, Karijoen kunta ja Kristiinankaupunki myönsivät Museovirastolle varoja laajan kolmivuotisen tutkimusprojektin aloittamiseksi. Tutkimusprojektissa ovat mukana Museovirasto, Geologian tutkimuskeskus ja Helsingin yliopiston ajoituslaboratorio. Kesän kaivaukset suoritettiin 21.7.- 26.8.2004. Mielenkiintoisin löytö oli palaneen luun siru, joka löytyi tutkimusten viimeisenä päivänä aivan kaivausalueen reunasta. Valitettavasti luun siru oli liian pieni ajoituksen tekemiseen, mutta siitä löytyi työstämisen merkkejä. Luolasta löydettiin myös uusi maakerros, mutta sen ajoitus ei ole vielä valmiina. Uusia kivityökaluja ei löytynyt, mutta sen sijaan runsaasti niiden valmistamisesta syntyneitä iskoksia ja ytimiä.

Vuosi 2005
Luolan kaivaukset suoritettiin 30.5.-8.7.2005

Tähän asti luolan löytöaineisto käsittää noin 200 määritettyä ihmisen työstämää esinettä (mm. yksipuolinen iskuri, lovettu esine, leveä sivukaavin, pieni pyöreä kaavin, hammastettu esine ja iskukivi) ja noin 600 kappaletta todennäköistä kiviesineiden työstämisessä syntynyttä iskentäjätettä (Museovirasto).