År 1996
Våren 1996 tömde Geologiska forskningscentralen (GFC) tillsammans med ortsbor ett ca 64 m2 stort område av grottan. Då hittades de första stenarna (artefakterna) som eventuellt bearbetats av människan och dessa sändes till Museiverket. Varggrottan fredades på basen av fornminneslagen för fortsatta utgrävningar.

År 1997
Museiverket utförde i juni 1997 i samarbete med GFC en provgrävning, med målsättningen att utreda grottans arkeologiska betydelse. Utgrävningarnas resultat var mycket uppmuntrande.

År 1998
För forskningen i Varggrottan inleddes vintern 1998 ett tvärvetenskapligt forskningsprojekt tillsammans med Museiverkets arkeologiska avdelning, GFC, geologiska institutionen vid Helsingfors universitet och dateringslaboratoriet vid Helsingfors universitet. År 1998 utfördes fältarbeten 31.5 - 3.7. Vid utgrävningarna hittades rikligt med stenföremål och avslag. De viktigaste fynden var den trampade golvytan samt spåren av eld som fanns i det fjärde skiktet. Under det fjärde sedimentskiktet lokaliserades två nya skikt.

År 1999
År 1999 var utgrävningarna mera omfattande än tidigare och utfördes under tiden 24.5.-8.7. Då hittades också två andra grottor på Vargberget, en på den norra sluttningen och en på den nordvästra sluttningen. Öppningen till åtminstone en av dessa är större är Varggrottans öppning – tyvärr har den dock delvis rasat igen efter istiden. Grottorna är nästa helt täckta av jordmassor och därför har man inte kunnat utreda höjdförhållandena för dessa.

År 2000
År 2000 kunde Museiverket anvisa betydligt mindre forskningsanslag för arbetet, vilket gjorde att man var tvungen att begränsa de egentliga utgrävningarna till tre veckor. Också området utanför grottan undersöktes.

År 2001
På grund av rasrisk utförde man inga utgrävningar i grottan sommaren 2001. Rasrisken berodde på växlingarna i värme- och fuktighetsförhållandena till följd av tömningen.

År 2002
Grottan förstärktes med stålbultar och specialbruk så att stödkonstruktionen inte syns med undantag av gallret i taket. Sommaren 2002 utfördes inga utgrävningar men förstärkningen av grottan möjliggjorde framtida utgrävningar.

År 2003
I grottan utfördes endast en liten kontrollgrävning.

År 2004
TE-centralen i Österbotten, Bötom kommun och staden Kristinestad beviljade Museiverket resurser för inledande av ett treårigt forskningsprojekt. I forskningsprojektet deltar Museiverket, Geologiska forskningscentralen och Dateringslaboratoriet vid Helsingfors universitet. Sommarens utgrävningar genomfördes 21.7.- 26.8.2004. Det intressantaste fyndet var en flisa av bränt ben som hittades sista utgrävningsdagen alldeles i utkanten av utgrävningsområdet. Tyvärr var flisan för liten för datering men man fann spår av bearbetning på den. I grottan hittades också ett nytt jordskikt men dateringen är ännu inte färdig. Nya stenverktyg hittades inte, men rikligt med avslag och kärnor.

År 2005
Utgrävningarna av grottan gemonfördes 30.5.-8.7.2005

Det arkeologiska fyndmaterialet i grottan omfattar ca 200 föremål (bl.a. en ensidigt tillslagen bultsten, ett föremål med en inskuren fåra, en bred sidoskrapa, en liten rund skrapa, ett tandat föremål och en bultsten) och ca 600 bitar av tillslagningsavfall som troligen härstammar från bearbetning av stenföremål. (Museiverket)